Vòng loại giải vô địch U21 Quốc gia 2023 có 22 đội bóng đăng ký tranh tài, chia làm 4 bảng. Bảng A (PVF) gồm 6 đội: Luxury Hạ Long, Hà Nội, Phú Thọ, TTĐTBĐ Đào Hà, Viettel và PVF-CAND.
Bảng B (Gia Lai): SHB Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Huế, Kon Tum và Hoàng Anh Gia Lai.
Bảng C (Đắk Lắk): Đồng Nai, Khánh Hòa, Tây Ninh, Gama Vĩnh Phúc và Đắk Lắk.
Bảng D (TP.HCM): Cần Thơ, Đồng Tháp, Long An, Tiền Giang và TP.HCM.
Các đội thi đấu vòng tròn một lượt tại địa phương đăng cai, tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng, sau đó chọn 4 đội xếp thứ nhất, 4 đội xếp thứ nhì và 2 đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất vào VCK. Các trận đấu vòng loại diễn ra từ 3/9 đến 13/9/2023. VCK diễn ra từ 18/9 đến 1/10/2023.
